Os rios, principalmente os urbanos recebem uma grande carga de poluição, isso é decorrente principalmente da falta de tratamento de esgotos domésticos. A maioria dos lençóis freáticos nas cidades também está contaminado por coliformes fecais e nitratos. Essa contaminação é advinda da presença de fossas vazadas nas residências. A poluição por nitratos, apesar deste composto não ser tóxico, após a ingestão passa a nitrito que é tóxico e cancerígeno. Uma das formas de conseguir diminuir essas contaminações é a construção de fossas ecológicas, como Tanques de evapotranspiração (para águas negras do sanitário) e círculos de bananeiras (para águas de lavagem), tecnologias socioambientais propostas pela permacultura e já aplicadas em residências em João Pessoa e Conde, com sucesso. Assim, a poluição por esgotos, afeta a saúde humana e atinge também os ambientes aquáticos como os rios, seja diretamente, seja pela água subterrânea, estes chegam nos estuários e oceanos, poluindo em cascata.